月經週期從兩個不同的立足點來看，各可分成兩個時期：

1.      濾泡期及黃體期—以卵巢發生的事來分期。

2.      增生期及分泌期—以內膜發生的變化來分期。

由於內膜變化是依賴卵巢的荷爾蒙變化所導致的，所以一般較常用的是濾泡期及黃體期的分類。

濾泡期(Follicular phase)

月經來後幾天，濾泡刺激素( FSH)在下視丘(hypothalamus)所分泌的GnRH(性腺激素釋放激素)的刺激下開始上升，於是刺激了卵泡生長而分泌E2(雌激素)。當卵泡分泌了E2後，E2會回饋抑制腦下垂體的LH(黃體刺激素)及FSH分泌(這時為濾泡期中期)，於是小濾泡停止生長而且萎縮，只有一個主濾泡成長達1~1.2公分，主濾泡會有LH及FSH的接受體且每天成長0.2公分。

    當濾泡長至1.8~2公分時，E2亦高達800~1000 pmol/L,這時腦下垂體的LH上升速度大於FSH，於是卵泡的顆粒層被黃體化且開始產生黃體素(progesterone)，這導致卵泡破裂，卵母細胞在LH釋出高峰後24-36小時釋出。濾泡期至此結束。正常情形下，濾泡期約14~15天。

黃體期(Luteal phase)

卵母細胞釋出代表黃體期的來臨。卵母細胞釋出後，顆粒細胞很快的將卵泡上的破洞修補起來形成黃體(Corpus luteum)，接著開始分泌黃體素(progesterone)，黃體素在排卵後5-8天達到高峰，其可使內膜表面積及內膜裡的螺旋小動脈增加，大量的肝糖亦開始分泌，肝糖是早期胚胎發育所需的營養。

若卵母細胞有受孕且著床，胚胎的滋養層(trophoblast)細胞會分泌hCG(絨毛膜性腺激素)，hCG可使黃體素維持高峰。若受孕沒有發生，則因LH的量不足以使黃體分泌足夠的黃體素，於是黃體素會下降而導致內膜缺血.  內膜表面開始脫落及其內的螺旋小動脈出血一起造成了“月經”。下一個週期從這時起又重新開始了。黃體期一般維持12~16天。